フレックスタイム制の残業代計算と請求方法【超過時間の完全ガイド】

フレックスタイム制を導入している会社で働いているのに、「うちはフレックスだから残業代は出ない」と言われた経験はありませんか？

実は、これは完全に違法です。フレックスタイム制であっても、清算期間内に決められた労働時間を超えて働いた分には、必ず残業代（割増賃金）が発生します。制度の仕組みを理解している会社が少ないのも事実ですが、「知らなかった」では済まされない使用者の義務です。

この記事では、フレックスタイム制における超過時間の計算方法から、未払い残業代の請求手順まで、今日から動けるよう実務的に解説します。

フレックスタイム制でも残業代は必ず発生する｜法的根拠を確認

フレックスタイム制の基本的な仕組みと「清算期間」の意味

フレックスタイム制とは、あらかじめ定めた「清算期間」の中で、労働者が始業・終業時刻を自分で決められる制度です（労働基準法第32条の3）。

制度の構造は以下の3つの要素から成り立っています。

用語	意味
清算期間	労働時間を計算するための単位期間。最長3ヶ月（2019年改正で1ヶ月から延長）。月単位が最も多い
決定労働時間（総労働時間）	清算期間中に働くべき時間数として労使協定で定めた時間
コアタイム	必ず出勤しなければならない時間帯（任意設定）
フレキシブルタイム	出退勤を自由に選択できる時間帯

清算期間が重要な理由は、残業代の計算単位がここになるからです。1日単位で「8時間超えたら残業」と判断するのではなく、清算期間全体の合計労働時間で判断します。

たとえば「清算期間1ヶ月・決定労働時間160時間」であれば、ある日10時間働いても別の日に6時間で切り上げることで調整できます。しかし、月末に合計すると165時間になっていれば、その差の5時間分は残業代の支払い対象になります。

制度を誤解している会社の典型的な説明
「フレックスは自分で時間を管理する制度だから、超過しても自己責任」
「コアタイム外の勤務は残業にカウントしない」
→ いずれも法的根拠がなく、違法です。

「残業代なし」は違法｜フレックスでも割増賃金が必要なケース

フレックスタイム制でも残業代が発生するのは、主に以下の4つのパターンです。自分の状況がどれに当てはまるか確認してください。

パターン①：清算期間内の超過時間

清算期間内の実際の勤務時間が、労使協定で定めた決定労働時間を超えた場合。25%以上の割増賃金が必要です（労働基準法第37条第1項）。

パターン②：法定労働時間の超過（清算期間が1ヶ月超の場合）

清算期間が2〜3ヶ月の場合、各月の実労働時間が「週平均40時間」を超えた部分は、清算期間終了を待たずにその月の残業代として支払いが必要です。

パターン③：深夜労働（午後10時〜午前5時）

フレキシブルタイム内であっても、深夜帯に勤務した場合は深夜割増25%が発生します（労働基準法第37条第4項）。

パターン④：法定休日労働

法定休日（週1日）に勤務した場合は休日割増35%が必要です。フレックスタイム制の適用外となり、通常の休日労働として扱われます。

フレックスタイム制の超過時間と残業代の計算方法【具体例あり】

超過時間の計算式｜清算期間ごとの確認手順

残業代計算の基本は次の式です。

超過時間 = 清算期間内の実際の勤務時間 − 清算期間内の決定労働時間

ステップ1：決定労働時間を確認する

まず、会社との労使協定または就業規則に記載された「清算期間の総労働時間（決定労働時間）」を確認します。多くの会社では「1日の標準労働時間 × 清算期間の所定労働日数」で設定しています。

例）1日8時間、月20労働日の場合

決定労働時間 = 8時間 × 20日 = 160時間

ステップ2：実際の勤務時間を合計する

タイムカード・出勤簿・PCログなどをもとに、清算期間内の実際の勤務時間を合計します。

ステップ3：超過時間を算出する

例）実際の勤務時間：171時間
    決定労働時間：160時間
    超過時間 = 171 − 160 = 11時間

この11時間分が残業代の対象となります。

残業代（割増賃金）の具体的な計算式

時間単価（1時間あたりの賃金）を求めてから、割増率を掛けます。

時間単価の計算（月給制の場合）

時間単価 = 月給 ÷ 月の所定労働時間

ただし、月給には以下の除外できる手当があります（労働基準法施行規則第21条）。

家族手当・通勤手当・住宅手当・別居手当・子女教育手当
臨時に支払われた賃金・1ヶ月を超える期間ごとの賃金（賞与など）

例）月給30万円（家族手当1万円・通勤手当1万円を含む）、月の所定労働時間160時間の場合

時間単価 = （300,000 − 10,000 − 10,000） ÷ 160
         = 280,000 ÷ 160
         = 1,750円

残業代の計算（昼間の法定外残業の場合）

残業代 = 時間単価 × 超過時間 × 1.25

例）上記の条件で超過時間が11時間の場合

残業代 = 1,750円 × 11時間 × 1.25
       = 24,062円

深夜労働・休日労働が含まれる場合の計算

労働の種類	割増率
法定外残業（昼間）	1.25倍
深夜労働（22時〜5時）	1.25倍
法定外残業＋深夜	1.50倍
法定休日労働（昼間）	1.35倍
法定休日労働＋深夜	1.60倍
月60時間超の残業（大企業）	1.50倍

清算期間が2〜3ヶ月の場合の注意点

2019年の労働基準法改正でフレックスタイム制の清算期間が最長3ヶ月に延長されましたが、これには追加のルールがあります。

清算期間が1ヶ月を超える場合、毎月の労働時間が「週平均40時間」を超えた部分については、清算期間の終了を待たずに毎月残業代を支払わなければなりません（労働基準法第32条の3第3項）。

毎月チェックする基準時間 = 40時間 × （その月の暦日数 ÷ 7）

例）31日の月：40 × （31 ÷ 7）≒ 177.1時間
    30日の月：40 × （30 ÷ 7）≒ 171.4時間
    28日の月：40 × （28 ÷ 7）= 160.0時間

この基準時間を超えた分は、その月の残業代として支払いが必要です。

証拠収集の方法と保管すべき書類一覧

今すぐ収集すべき証拠の種類

残業代請求で最も重要なのは「何時から何時まで働いていたか」を証明する証拠です。以下の優先順位で収集してください。

最優先で確保すべき証拠（今日中に着手）

①タイムカード・出勤簿のコピーまたは写真撮影

会社の管理下にある書類は、退職後や紛争発生後に「紛失した」「システム障害で消えた」などの理由で入手できなくなるケースがあります。在籍中に写真撮影やコピーを取っておきましょう。

②PCのログイン・ログオフ記録のスクリーンショット

会社のPC管理システムにアクセスできる場合、ログイン・ログオフ時刻の記録をスクリーンショットで保存します。これは実際の勤務時間を客観的に証明する強力な証拠になります。

③業務メールの送受信記録

最初のメール送信時刻と最後のメール送信時刻は、出退勤の推定根拠になります。メールボックスを定期的にエクスポート（保存）しておきましょう。

④給与明細書の全期間分

支払われた賃金と、本来支払われるべき賃金の差額を計算するために不可欠です。紙の明細は写真撮影、電子明細はPDFで保存します。

補完的な証拠（1週間以内に整理）

スマートフォンの位置情報・GPS履歴（会社付近の在時間を証明）
ICカード（交通系）の乗降記録（最寄り駅の通過時刻から推定）
社内チャットツール（Slack・Teams等）のログ（スクリーンショット保存）
業務日報・作業報告書（自分で作成・提出した記録）
上司・同僚とのLINEやメッセージのやり取り（業務指示の時刻）
駐車場の入出庫記録（会社が駐車場を管理している場合）

証拠整理用の勤務時間記録表の作成方法

収集した証拠をもとに、以下の形式でExcelや表計算ソフトに記録します。

日付	出勤時刻	退勤時刻	実労働時間	決定労働時間	超過時間	深夜時間	証拠の種類
4/1（月）	9:00	21:30	12.5h	8h	4.5h	0h	タイムカード
4/2（火）	10:00	23:15	13.25h	8h	5.25h	1.25h	PCログ

月末に合計すると、自動的に清算期間の超過時間・深夜時間が集計されます。

ポイント：証拠の種類を記録しておくことで、後の交渉・申告時に「この日はこの証拠がある」と具体的に示せます。

未払い残業代の請求手順【ステップ別】

会社への内部申告（最初のアクション）

証拠と計算結果が揃ったら、まず会社への直接請求を試みます。

申告の準備

勤務時間記録表（超過時間・計算根拠）
未払い残業代の計算書（時間単価・割増率・金額の内訳）
支払いを求める書面（口頭ではなく、書面で要求する）

申告書類の書き方のポイント

書面には以下の内容を明記してください。

・申告日・氏名・所属部署
・問題が発生した清算期間（例：2024年1月〜3月）
・超過時間の合計と計算根拠
・未払い残業代の金額（計算式を記載）
・支払いの期限（例：〇〇年〇〇月〇〇日まで）
・根拠法令（労働基準法第37条）

今すぐできるアクション：会社の人事部・総務部に「残業代について確認したい」と口頭で連絡しつつ、同時に書面の準備を進める。口頭のやり取りは日時・内容をメモしておく。

会社が応じない場合の外部機関への申告

会社に申告しても無視・拒否された場合は、外部機関に相談・申告します。

労働基準監督署への申告

費用：無料　所要時間：相談30分〜

労働基準監督署は、労働基準法違反に対して会社を調査・是正勧告する権限を持つ国の機関です。

申告の手順：

最寄りの労働基準監督署を確認する（厚生労働省ウェブサイトで検索可能）
申告書を作成・持参する（窓口で書式をもらえる）
証拠書類（勤務時間記録表・給与明細等）を持参する
監督官が調査し、法令違反があれば会社に是正勧告を行う

注意点：労働基準監督署は「行政機関」であり、あなたの代わりに残業代を回収してくれるわけではありません。是正勧告に強制力はありますが、会社が従わない場合は別途民事上の請求が必要です。

総合労働相談コーナー（都道府県労働局）

費用：無料

都道府県労働局に設置されており、申告前の相談窓口として活用できます。あっせん（話し合いの仲介）制度を利用することで、弁護士を立てずに解決できることもあります。

弁護士・社会保険労務士への相談

証拠が揃っていて金額が大きい場合は、弁護士（特に労働問題専門）への相談が効果的です。

成功報酬型の弁護士であれば初期費用ゼロで着手できる事務所が多い
弁護士費用の目安：回収額の20〜30%が相場
法テラス（日本司法支援センター）を利用すると費用の立替制度あり

内容証明郵便の送り方

会社が応じず、民事上の請求に進む場合は内容証明郵便を送付します。

内容証明郵便は「いつ・どんな内容の要求を送ったか」を郵便局が証明する書類であり、時効の完成猶予（6ヶ月間）の効果があります（民法第150条）。

内容証明郵便に記載すべき事項

1. 差出人（あなた）の氏名・住所
2. 受取人（会社）の名称・所在地・代表者名
3. 請求する未払い残業代の金額
4. 請求の根拠（清算期間・超過時間・計算式・法令）
5. 支払いの期限（例：本書到達後2週間以内）
6. 支払い先の口座情報
7. 「本書をもって最終通告とする」旨の記載

郵便局の窓口で「内容証明郵便で送りたい」と伝えれば、書式の説明を受けられます。費用は1,000〜1,500円程度です。

時効と遡及請求の範囲

残業代請求の時効は3年

未払い残業代の請求権は発生から3年で時効消滅します（労働基準法第115条、2020年4月改正）。

改正前は2年でしたが、2020年4月以降に発生した残業代については3年間の時効が適用されます。

重要：3年以上前の残業代は原則として請求できません。証拠収集と請求手続きは早めに着手してください。

時効を止める方法

方法	効果	費用
内容証明郵便の送付	6ヶ月間の完成猶予	約1,500円
訴訟の提起	時効の更新（リセット）	弁護士費用別途
支払督促申立	時効の更新	印紙代等
労働審判申立	時効の更新	印紙代等

内容証明郵便を送った後、6ヶ月以内に訴訟・労働審判等の法的手続きを行わないと、時効の完成猶予の効果が失われます。

会社が主張しやすい反論とその対処法

「固定残業代で残業代は支払い済み」と言われた場合

固定残業代（みなし残業）制度は有効ですが、以下の要件を満たさないと支払い済みとして認められません。

固定残業代の金額と、それが何時間分の残業代に相当するかが明確に区別されていること
実際の超過時間が固定残業の想定時間を超えた場合は、差額を追加支払いしなければならない

就業規則や給与明細で「〇時間分の残業代として△△円」と明示されていない場合は、固定残業代として認められない可能性があります。

今すぐできるアクション：就業規則・雇用契約書の「固定残業代」に関する記載を確認し、何時間分に相当するか計算してみる。

「フレックスの超過は翌月に繰り越せる」と言われた場合

清算期間を超えた時間を翌月に繰り越すことは原則として認められていません（労働基準法第32条の3）。清算期間ごとに超過時間を精算して残業代を支払うのが原則です。

繰り越し自体は「不足時間の翌月繰り越し（時間貸し）」は認められますが、超過時間の繰り越しによる残業代不払いは違法です。

「自己申告制だから超過労働の証明ができない」と言われた場合

会社側が自己申告制を採用していても、客観的な証拠（PCログ・メール履歴・入退館記録等）があれば実際の労働時間は証明できます。また、厚生労働省の「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン」（2017年）は、使用者が客観的な方法で労働時間を把握する義務を定めています。自己申告が実態と乖離していれば、それ自体が法令違反となりえます。

相談窓口と費用の目安

機関	主なサービス	費用
労働基準監督署	申告・是正勧告・調査	無料
総合労働相談コーナー	相談・あっせん仲介	無料
法テラス（日本司法支援センター）	弁護士費用の立替・法律相談	審査あり、実質無料〜
弁護士（労働問題専門）	交渉・訴訟・労働審判	成功報酬型なら着手金0円〜
社会保険労務士	書類作成・申告代行	数万円〜
労働組合・ユニオン	団体交渉・会社との交渉窓口	月会費制・低額

まとめ｜今すぐ始める3つのアクション

フレックスタイム制は「自由な働き方」を実現するための制度ですが、それは残業代を払わなくてよい理由にはなりません。清算期間内に決定労働時間を超えて働いた時間には、労働基準法第37条に基づく割増賃金の支払いが会社に義務付けられています。

今日から始めるべき3つのアクション：

証拠の確保：タイムカード・給与明細・PCログなどを写真撮影・スクリーンショットで保存する
計算の実施：清算期間ごとの超過時間と未払い残業代の金額を計算する
相談先の確認：まず無料で相談できる労働基準監督署または総合労働相談コーナーへ連絡する

時効は3年です。「まあいいか」と先延ばしにするほど請求できる期間が短くなります。まず証拠を確保することから、今日始めてください。

よくある質問

Q1. フレックスタイム制でコアタイム内の残業はどう扱われますか？

コアタイム内であっても、清算期間全体の超過時間として計算されます。コアタイムの有無は残業代の計算方法に影響しません。清算期間内の総労働時間が決定労働時間を超えていれば、その超過分に対して割増賃金が発生します。

Q2. 月をまたいだ超過時間の繰り越しは合法ですか？

清算期間が1ヶ月の場合、超過時間を翌月に繰り越して残業代を支払わないことは違法です。ただし、不足時間（その月に働けなかった分）を翌月に「借り」として持ち越す制度（いわゆる「時間貸し」）は、労使協定で定めれば認められています。超過分と不足分では取り扱いが異なります。

Q3. 退職後でも未払い残業代を請求できますか？

退職後でも、時効期間（発生から3年以内）であれば請求できます。退職済みの場合も、残存する証拠（給与明細・通帳記録・PCログ等）をもとに計算を行い、内容証明郵便または労働基準監督署への申告で対応可能です。

Q4. 会社に証拠隠滅される前にできることはありますか？

在籍中であれば、タイムカードの写真撮影、PCログのスクリーンショット、メール履歴のエクスポートを今すぐ行ってください。退職後は、会社に対して「労働時間記録の開示請求」を書面で行う方法があります。また、ICカードの乗降記録は交通系ICカードの公式アプリや窓口で履歴を入手できることがあります。

Q5. 弁護士に相談するお金がありません。どうすればいいですか？

まず法テラス（0570-078374）に電話してください。収入・資産が一定基準以下であれば、弁護士費用の立替制度（審査あり）を利用できます。また、弁護士費用が不要な「成功報酬型」の弁護士事務所も多く、未払い残業代が回収できた場合にのみ報酬を支払う形です。着手金ゼロで対応してくれる事務所を探してみてください。

Q6. 労働基準監督署に申告すると会社にバレますか？

労働基準監督署は申告者の名前を会社に教えないよう配慮しますが、会社への調査が入れば「誰かが申告した」と推測される場合があります。匿名申告も受け付けていますが、匿名の場合は調査の優先度が下がることがあります。申告に不安がある場合は、まず労働組合・ユニオンへの相談から始める方法もあります。